Lorsque nous nous endormons, l'activité de notre organisme ne s'arrête pas. Des milliards de « voisins » interagissent avec nos cellules : les micro-organismes de l'intestin et de la cavité buccale. Ces dernières années, la science a démontré de façon constante que la composition de ces communautés microbiennes est liée à la qualité du sommeil. Il ne s'agit pas seulement de bien-être général : la diversité du microbiome, le niveau d'inflammation et les signaux métaboliques internes dépendent de la durée et de la structure de notre sommeil nocturne.
Au départ, les scientifiques pensaient que tout agissait dans un seul sens : le manque de sommeil et les troubles du sommeil perturbaient le microbiome. Or, les données suggèrent également l’effet inverse. Chez les adolescents et les jeunes adultes, un microbiome buccal plus diversifié est associé à un sommeil plus long. Les personnes souffrant d’insomnie diagnostiquée médicalement présentent plus souvent une composition de la flore intestinale moins équilibrée que celles qui dorment normalement. Même dans le cadre d’études à petite échelle, réalisées avec des dispositifs de suivi du sommeil pendant un mois, une moins bonne qualité de sommeil était corrélée à une moindre diversité de la microflore intestinale. Enfin, chez les personnes subissant un décalage horaire important entre la semaine et le week-end, le profil microbien était sensiblement différent de celui des personnes ayant un rythme de vie stable.
Le mécanisme de cette connexion est tout à fait matériel. Les bactéries produisent des acides gras à chaîne courte (comme le butyrate), modulent la réponse immunitaire et synthétisent de nombreux neurotransmetteurs, de la sérotonine et la dopamine à l'acide gamma-aminobutyrique (GABA). Tous ces éléments constituent les maillons de l'axe intestin-cerveau, qui influence les rythmes circadiens, la profondeur du sommeil lent et la phase du sommeil paradoxal. Lorsque l'équilibre du microbiote se déplace vers un profil inflammatoire (excès de sucre et de graisses saturées dans l'alimentation, stress chronique, prise d'antibiotiques), le taux de molécules pro-inflammatoires et d'acides biliaires augmente, ce qui peut perturber l'horloge biologique et aggraver les troubles du sommeil.
Des processus similaires se produisent dans la cavité buccale. Une mauvaise hygiène ou une alimentation déséquilibrée altèrent le microbiome buccal, augmentent l'inflammation locale et systémique et peuvent entraîner un rétrécissement des voies respiratoires pendant le sommeil. Dans ce contexte, les risques de ronflement et d'apnée obstructive du sommeil, une affection caractérisée par des interruptions de la respiration et une privation chronique d'oxygène, s'accroissent.
Existe-t-il une relation de cause à effet, et non de simples corrélations ? Des indices préliminaires se font jour. Dans des expériences sur des modèles animaux, la transplantation de microbiote intestinal provenant de personnes souffrant de troubles du sommeil et d’insomnie a induit chez la souris des signes comportementaux de troubles du sommeil. De petits essais cliniques chez l’humain suggèrent qu’une correction du microbiote pourrait améliorer les symptômes de l’insomnie chronique. Même des interventions brèves – comme une semaine de régime riche en graisses et en sucres – ont modifié de façon marquée l’activité électrique du cerveau pendant le sommeil profond chez des volontaires sains ; et les antibiotiques ont réduit la durée du sommeil paradoxal dans certains essais. Ces résultats ne constituent pas encore des critères cliniques, mais ils ouvrent des perspectives intéressantes.
Cela signifie-t-il que la « pilule de bactéries » deviendra le nouveau somnifère ? Il est trop tôt pour tirer de telles conclusions. Certaines souches, comme Lactobacillus casei Shirota, ont montré une amélioration du sommeil chez les jeunes, dans des conditions contrôlées et en période de stress. Toutefois, ces résultats doivent être confirmés par des essais randomisés à grande échelle et comparés à des approches reconnues comme la thérapie cognitivo-comportementale pour l'insomnie. Parallèlement, l'idée semble séduisante : en rétablissant l'équilibre du microbiome par l'alimentation, les prébiotiques ou des probiotiques soigneusement sélectionnés, nous pourrions réduire la proportion de personnes souffrant de troubles du sommeil chroniques, qu'ils soient liés à l'évolution des modes de vie ou au vieillissement.
La conclusion pratique pour aujourd'hui est simple et sans risque : un horaire de coucher régulier, un apport suffisant en fibres, une consommation modérée de sucre et de graisses saturées, une bonne hygiène bucco-dentaire et la limitation des grignotages nocturnes sont bénéfiques non seulement pour le cœur et le métabolisme, mais aussi pour le microbiome qui joue un rôle essentiel dans notre sommeil. Cependant, il est préférable de ne pas expérimenter de compléments alimentaires ni d'entreprendre des interventions plus invasives sans avis médical. Les données probantes concernant les méthodes agissant sur les bactéries sont encore en développement et il reste beaucoup à faire avant qu'elles ne deviennent une pratique courante, à l'instar des bonnes pratiques d'hygiène du sommeil actuelles.
